일본목련 열매(골돌)는 타원형이고 구과처럼 생겼으며 길이 15cm 내외로서 가을에는 홍자색으로 익는다. 씨앗은 골돌 속에 2개씩 들어 있고 벌어져서 나오며 흰색 실에 매달린다.
일본목련은 관상 가치가 있어 정원이나 공원에 주로 심으며, 목재는 연하고 가공하기 좋아서 가구재와 조각재로 사용하고, 나무껍질은 한약재로 쓴다.

일본목련나무는 나뭇잎이 넙적하고 크기 때문에 비가 내릴 때면 빗소리를 더욱 시원하게 해 준다. 또한 가을에 낙엽으로 떨어지면 밟으면 바스락 소리가 무척 크게 들린다. 이로 인해 일본목련나무를 후박나무로 착각하는 사람들이 의외로 많다.